Дефекти који се могу појавити у области заваривања под водом укључују поре, термичке пукотине и подрезине.

1. Бубблес. Мехурићи се углавном јављају у центру вара. Главни разлог је тај што је водоник још увек сакривен у завареном металу у облику мехурића. Према томе, мере за отклањање овог дефекта су прво уклањање рђе, уља, воде и влаге са жице за заваривање и заваривања, и друго, да се флукс добро осуши да би се уклонила влага. Поред тога, повећање струје, смањење брзине заваривања и успоравање брзине очвршћавања растопљеног метала је такође веома ефикасно.

2. Сумпорне пукотине (пукотине изазване сумпором). Приликом заваривања плоча са јаким тракама за одвајање сумпора (нарочито челик меког кључања), сулфиди у траци за сегрегацију сумпора улазе у метал шава и изазивају пукотине. Разлог је то што постоји ниска тачка топљења гвожђе сулфида у појасу сегрегације сумпора и водоника у челику. Због тога, да би се спречила ова ситуација, ефикасно је користити полу-угашени челик или мртви челик са мање трака за сегрегацију сумпора. Друго, чишћење и сушење површине завара и флукса су такође веома неопходни.

3. Термичке пукотине. Код заваривања под водом, термичке пукотине могу настати у завару, посебно у луковима на почетку и на крају лука. Да би се елиминисале такве пукотине, јастучићи се обично постављају на почетку и на крају лука, а на крају заваривања намотаја плоче, спирално заварена цев се може преокренути и заварити у преклапање. Термичке пукотине се лако јављају када је напрезање шава веома велико или је метал шава веома висок.

4. Укључивање шљаке. Укључивање шљаке значи да део шљаке остаје у металу шава.

5. Лоша пенетрација. Преклапање унутрашњег и спољашњег метала шава није довољно, а понекад и није заварено. Ова ситуација се назива недовољна пенетрација.

6. Ундерцут. Подрезивање је жлеб у облику слова В на ивици вара дуж средишње линије вара. Подрезивање је узроковано неодговарајућим условима као што су брзина заваривања, струја и напон. Међу њима, већа је вероватноћа да ће превисока брзина заваривања проузроковати дефекте подрезивања него неодговарајућу струју.